Не каждое заражение заметно сразу. Вредоносный код может срабатывать только для части посетителей, определённых устройств или переходов из поисковой выдачи. Владелец открывает главную страницу, видит привычный сайт и решает, что всё в порядке. А проблема в это время спокойно работает в другом сценарии.

Которкая но подробная статья, 17 минут вашего времени. Читайте по ссылке